2022-12-29
转眼间已经过了这么旧没写了，最近阳了，病了一场，终于能够坐起来了。明天就要开始和ambertools和gaussain打交道了。
2022-12-16
暂时的计划是把RPA的蛋白结构跑起来去，明天开始做蛋白部分的ninfo文件。首先需要把pdb中的残基序号和cafemol跑出来的序号对应起来，先写这个文件，这部分我在补充残基的时候基本上写过了，可以直接拿出来用。
其次要把盐桥的文献看完。暂时发现，重水有相应的拓扑文件，但是还没有发现acetate和methylammonium，这部分的拓扑生成要查找下。
最近发现mendeley真难用，装了一天就卸载了，还是用zotero。
数学分析已经学到了函数极限部分，从
SICP则学完了高阶函数(higher-order function)部分，完成了第一个project，受益良多，再继续看吧。