最近因为opensuse15.2坏掉了所以升级成了15.4，而安装packman源解决编码器问题一直是个复杂的过程，而最近则发现这个过程已经有人写好了包，所以在这里记录下：

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sudo zypper install opi
opi codecs

以上两行代码就解决了编码器问题。

转化编码格式

有时候在linux打开文件会出现乱码，这时候可以使用iconv转化编码格式:

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iconv -f GB2312 -t utf-8 -o output.txt input.txt

以上命令可以将GB2312编码格式的input.txt文件转化为utf-8编码格式的output.txt文件。

定义新命令

为了在latex中书写方便，可以用newcommand定义新命令:

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\newcommand{\<cmdname>}[<n>]{<command>}

1. <cmdname>为新定义的命令名字。
2. <n>为参数个数，各个参数可以在命令体中用#1、#2表示
3. <command>为命令体。
   例如，可以用newcommand定义平均值的表示:

   1	\newcommand{\mean}[2]{\frac{#1_1 + #1_2 + \cdots + #1_#2}{#2}}

   之后可以这样在数学环境中使用

   1	\mean{a}{n}

   但是newcommand不允许定义一个已经存在的命令，如果要防止报错，可以使用providecommand，该命令使用和newcommand一致，当命令不存在时，它相当于newcommand，当命令存在时，它沿用之前的定义。例如:

   1	\providecommand{\mean}[2]{\frac{#1+#2}{2}}

   则\mean{a}{n}依旧等于
   $$ \frac{a_1+a_2+\cdots+a_n}{n} $$
   有时候我们需要重新定义一个已经定义的命令，此时，我们可以用renewcommand，renewcommand的使用和newcomand相同，但是它必须以及存在原命令，否则会报错。
   这些命令的定义会受到局部环境的影响，即在环境内部定义的命令在外部无法使用。
   Read more »

新冠阳了，今天开始复建运动。先试着把小分子的力场文件构建起来吧。这是我并不熟悉的领域，所以需要学习好多教程。

获得PDB结构

这里我们主要是要制作醋酸盐(acetate)和甲铵盐(methylammonium)的力场，我们首先需要得到小分子的PDB结构，可以从PDB库中找到我们需要的小分子。醋酸盐和甲铵盐的代码分别为ACT和3P8。在网页上可以下载到.sdf文件，接下来可以使用openbabel将.sdf文件转化为.pdb坐标。

我想做计算机程序的构造与解释(SICP)的教程，先在这里占个坑。

写这个是因为每次用的时候发现都忘记了，甚至不知道网页在哪，每次都要在一堆链接中反复点击，宛如蒙特卡洛模拟，有时候甚至还找不到想要的网站。因此我现在就把使用modeller补全缺失残基的网页放在这里。

我们以4GNX为例进行补全。首先4GNX在PDB中是个二聚体结构，我们只需要其中的一半的信息，所以我们删除了X，Y，Z和L链，改文件命名为4gnx_half.pdb。之后我们需要得到pdb中的序列信息。但是modeller只会得到存在的残基的序列。对于中间缺失的残基，虽然pdb文件的REMARK 465中记录了缺失的残基序号和类型，pdb文件中的SEQRES也记录了生物分子的序列信息，但是modeller并不会帮你从pdb中提取出来在序列上补充上，因为modeller认为这部分信息是不可靠的。并且有的经过处理的pdb甚至会丢失这些信息。

我们可以使用一下代码提取pdb文件中的序列信息：

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from modeller import *
# Get the sequence of the 4gnx PDB file, and write to an alignment file
code = '4gnx'

e = Environ()
m = Model(e, file=code)
aln = Alignment(e)
aln.append_model(m, align_codes=code)
aln.write(file=code+'.seq')

最近发现自己的数学，在我学习随机过程的时候，我发现我并不会概率论，当我学习概率论的时候，我发现我并不会测度论，而当我学习测度论的时候，我终于发现，原来我不会数学。
想到这里，顿时豁然开朗，原来我应该从头开始学数学。

当然实际上，在我学习测度论的时候，我就发现其实我缺失的是一些最基本的数学上的概念，比如上确界和下确界，这些知识的缺失使我学习测度论的过程异常艰难。

为了补全这些知识，我决定从数学分析开始学起来。为了记住学习的知识点，我决定用费曼学习法，即写一本《数学分析讲义》。希望能在学习和写讲义的过程中有所收获。