xtc 文件格式

本地安装 alphafold3

关于这个 docker 的安装教程我无法按照教程实现 rootless docker，因此我只能用 docker 组来实现。原教程在: 安装 alphafold3

添加 sudo 权限

给某个用户添加 sudo 权限, 需要 sudo 权限来安装软件。

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sudo usermod -aG sudo username

添加 docker 的官方权限

Ubuntu 22.04

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sudo apt-get update
sudo apt-get install ca-certificates curl
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
sudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg -o /etc/apt/keyrings/docker.asc
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc

openSUSE

openSUSE 不需要设置什么权限

安装 mamba

因为conda实在太慢了，所以最近发现可以用mamba替换它，所以记录下mamba安装。

安装命令很简单:

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conda install mamba -n base -c conda-forge

之后就可以用mamba替代conda命令使用了。

在集群提交服务器上建立新用户

建立 linux 用户

原来在 linux 里有useradd和adduser两个命令，useradd是底层的一个二进制可执行文件，adduser是一个 Perl/Python 脚本 (调用useradd)。

useradd

useradd是非交互式的底层的创建用户的命令

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# 创建新用户:
sudo useradd username

# 创建新用户并指定uid:
sudo useradd [-u|--uid] id username

# 创建新用户并指定shell:
user useradd [-s|--shell] /path/to/shell username

# 创建新用户并添加到额外的组内:
sudo useradd [-G|--groups] group1,group2,... username

# 创建新用户并新建默认的家目录:
sudo useradd [-m|--create-home] username

# 创建新用户并根据模板建立家目录:
sudo useradd [-k|--skel] path/to/template_directory [-m|--create-home] username

# 创建新用户没有家目录:
sudo useradd [-r|--system] username

adduser

adduser 就简单很多

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sudo adduser username

之后只要输入密码，再不断回车就好了

lammps 源代码一些函数分析

各个模块的结构

运行命令为./lmp_mpi -in in.eq -log log.phe2

解析命令行

函数调用为:

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#0  LAMMPS_NS::LAMMPS::LAMMPS (this=0x55555616a4b0, narg=5, arg=0x7fffffffd638, communicator=0x55555607f7a0 <ompi_mpi_comm_world>) at /home/hapo/Documents/software/lammps-29Aug2024/src/lammps.cpp:544
#1  0x00005555555e02df in main (argc=5, argv=0x7fffffffd638) at /home/hapo/Documents/software/lammps-29Aug2024/src/main.cpp:77

在LAMMPS_NS::LAMMPS::LAMMPS中解析了命令行并打开in.eq文件和log.phe2文件 (没有读取)

LAMMPS_NS::LAMMPS::LAMMPS中的pfirst和plast用来记录命令行中的添加包命令 (-pk)的起始和结束。

从源代码(lammps.cpp:458)来看, lammps 最多只能添加两个 suffix, 无法用 hybrid 添加三个及以上。

universe->me用来指出这个进程是 rank 几, 0 表示主进程

dcd 文件格式

dcd 有各种格式，比如 X-PLOR DCD 格式和 CHARMM 格式，暂时我们主要处理 CHARMM 格式。

由于最初的 dcd 格式可能是用 fortran 写的，并且是使用以下的方式打开文件

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open(unit=10, file="trajectory.dcd", form="unformatted")